Por meio da presença de dois barqueiros, o Anjo e o Diabo, eles recebem as almas dos passageiros que passam para o outro mundo.
A cena passa-se num porto e, portanto, um dos barcos vai em direção ao céu, e outro para o inferno.
A maioria dos personagens vão para a barca do inferno. Durante suas vidas não seguiram o caminho de Deus, foram trapaceiros, avarentos, interesseiros e cometeram diversos pecados.
Por outro lado, quem seguia os preceitos de Deus e viveu de maneira simples vai para a barca de Deus. São eles: Joane, o parvo, e os quatro cavaleiros.
O Auto da Barca do Inferno é um grande clássico da literatura portuguesa. Ele possui diversas sátiras envolvendo a moralidade.
Pelo destino das almas de alguns personagens, a obra satiriza o juízo final do catolicismo, além da sociedade portuguesa do século XVI
A alegoria do juízo final é um recurso utilizado pelo dramaturgo através de seus personagens (diabo e anjo).
Além disso, cada personagem possui uma simbologia associada à falsidade, ambição, corrupção, avareza, mentira, hipocrisia, etc.